Le Clan Aburame (油女一族, Aburame Ichizoku) est un clan caractérisé par leur utilisation des insectes comme armes. Les insectes vivent en symbiose dans le corps du shinobi. À la naissance, les membres de ce clan sont offerts à une race particulière d'insectes appelés Kikaichû, le corps leur servant de nid. Les insectes peuvent entrer et sortir au moyen de diverses pores, apparemment en mangeant leur chemin à travers la peau. Ils se nourrissent de chakra comme une source de nourriture, les rendant tout à fait mortel. La relation entre le shinobi et les insectes est mutuellement bénéfique.

Les membres du clan Aburame sont des spécialistes de l'espionnage, ils peuvent communiquer avec leurs insectes, et leurs insectes se spécialisent dans la discrétion car ils ne font pas de bruit ou de mouvement pendant le combat. Ces insectes servent aussi à attaquer, puisqu'ils permettent de faire des techniques secrètes puissantes et silencieuses.

   
   

Le Clan Akimichi (秋道一族, Akimichi Ichizoku) est un clan de Konoha dont les membres sont capables de convertir rapidement les calories en chakra, qu'ils utilisent ensuite pour leurs techniques secrètes telles le Décuplement et les autres variantes de jutsus d'agrandissement du corps. La plupart de ces techniques sont connues pour épuiser rapidement les réserves de chakra de l'utilisateur, le fatiguant très vite durant un combat. C'est la raison pour laquelle les Akimichi ont tendance à beaucoup manger, même avant un combat, afin de régénérer constamment leur réserve de chakra. C'est pourquoi le symbole du clan, inscrit sur la plupart des tenues des membres, est le kanji stylisé du mot « nourriture ». Si les techniques habituelles ne sont pas suffisantes durant un combat, un Akimichi peut faire usage des Trois pilules de couleur pour convertir la graisse excessive en chakra, mais à ses risques et périls: les pilules, en particulier la dernière, la rouge, sont extrêmement dangereuses pour le corps humain et leur consommation peut aboutir à la mort.

Le Clan Akimichi semble entretenir des relations particulièrement proches avec le Clan Nara et le Clan Yamanaka. Depuis deux générations au moins, des membres de ces trois familles formèrent le trio « Ino-Shika-Chô ». Le « Chô » correspond aux membres du Clan Akimichi.

   
   

Tous les membres du clan Hyûga (日向一族, Hyûga Ichizoku) naissent avec le Byakugan, un Kekkei Genkai leur donnant un champ de vision de 360°, la possibilité de distinguer le système circulatoire du chakra et les cavités de chakra (Tenketsu), de voir sur des kilomètres de distance et à travers les êtres et les objets.
Le clan est séparé en deux branches : la branche principale, ou Sôke, et la branche secondaire, ou Bunke. Ce système fut créé afin de protéger les secrets du Byakugan. La Sôke dirige le clan tandis que la Bunke la protège. Les membres de la Bunke sont marqués d'un sceau maudit dès que le nouvel héritier de la Sôke célèbre son troisième anniversaire. Ce sceau permet aux membres de la branche principale d'avoir un contrôle absolu sur les membres de la branche secondaire, pouvant l'activer d'un simple geste de la main pour punir toute désobéissance, leur causant une douleur insupportable, voire la mort. Le sceau permet également de s'assurer que les secrets du Byakugan ne puissent être révélés aux étrangers, étant donné qu'il scelle les yeux du porteur à sa mort. Parce qu'ils sont essentiellement voués à une existence de servitude, par la hiérarchie de la naissance, certains membres de la Bunke sont hostiles à ceux de la Sôke.

Les membres du clan sont initiés à l'art du Poing Souple, ou Jûken, se reposant sur la capacité du Byakugan qui permet de percevoir le système circulatoire du chakra. L'utilisateur peut ainsi viser précisément certaines partie du corps pour empêcher cette circulation de s'opérer. L'entraînement nécessaire à la maîtrise du Jûken demande un contrôle du chakra excellent.

   
   

Le Clan Inuzuka (犬塚一族, Inuzuka Ichizoku) est connu pour son affinité avec les chiens ninjas, avec qui les membres du clan combattent. Un membre du clan Inuzuka se voit attribuer un (ou des) partenaire(s) canin(s) lorsqu'il atteint un certain âge. Étant donné leur affinité naturelle avec les chiens, un Inuzuka et son partenaire animal s'attachent très vite jusqu'à devenir inséparables. Les membres du clan possèdent des marques rouges en forme de crocs sur les joues, ainsi que des yeux et des canines pointues faisant ressortir leur animalité. Les liens très forts entre un Inuzuka et son partenaire canin sont si forts qu'ils permettent de combiner et partager leur chakra, permettant à l'humain de prendre une apparence plus sauvage et à l'animal de prendre une apparence plus humaine. Cette combinaison leur permet d'exécuter des techniques en collaboration telles que les Crocs lacérants.

   
   

Le Clan Kurama (鞍馬一族, Kurama Ichizoku), seulement apparu dans l'anime, est un clan excellant dans les techniques de genjutsu. Ce talent inné dans le genjutsu est dû à un Kekkei Genkai que le clan possède. Toutes les générations, un membre du clan Kurama naît avec un talent incroyable pour le genjutsu . Le talent des membres du clan dans ce domaine est telle que leur genjutsu est tout à fait irrésistible. Par ailleurs, le genjutsu est si puissant qu'il permet au cerveau de faire croire  à la victime que tout ce qui se passe dans l'illusion est réél. Cette capacité permet aux membres du clan de potentiellement tuer leurs adversaires avec le genjutsu. Cependant, une telle puissance effrayante n'est pas sans ses inconvénients. L'utilisateur peut rarement contrôler la pleine mesure de ses capacités, et en tant que tels, leur subconscient réagissent souvent avec le pouvoir, conduisant à la création d'une deuxième personnalité dans le contrôle de cette puissance. Cette personnalité écrase l'original, puis transforme l'individu en un monstre qui est un danger pour tout le monde.
. Ils étaient l'un des plus puissants clans à Konoha, mais le nombre de ninjas au sein du clan diminua fortement.

   
   

Le Clan Nara (奈良一族, Nara Ichizoku) est connu pour la maîtrise de ses membres de la Manipulation des Ombres et l'affection particulière qu'il porte aux cerfs, lesquels vivent dans une zone étendue : la forêt du clan Nara.
Bien qu'étant considérés comme des génies, la majorités des membres de ce clan sont d'une grande paresse et difficiles à motiver.
Le clan Nara semble entretenir des liens particuliers avec les clans Akimichi et Yamanaka. Depuis au moins deux générations, les membres de ces trois familles ont formé un trio «Ino-Shika-Chô», nommé ainsi d'après le début du nom de chaque membre. Les «Shika» sont les membres du clan Nara.

   
   

Le clan Sarutobi (猿飛一族, Sarutobi Ichizoku) fut l'un des premiers clans à rejoindre Konoha lors de sa création par les Senju et les Uchiwa.
Les membres de ce clan semblent capables de maîtriser des techniques de haut rang et privilégient le Katon. Pour tout dire, tous les membres semblent exceller dans la maîtrise de l'élément feu. Ils ont également une prédisposition pour lier un pacte d'invocations avec les Singes.

Pour renforcer l'unité entre les clans Akimichi, Nara et Yamanaka, il devint une tradition qu'un membre de ce clan devienne le maître des formations Ino-Shika-Chô se succédant à travers les générations, et qu'il leur offre des boucles d'oreilles quand ils prêtaient serment.

   
   

Le clan Senju (千手一族, Senju Ichizoku) était l'un des clans les plus puissants de l'époque. Il avait pour chef, le redoutable et unique utilisateur naturel du mokuton, Hashirama Senju, le premier Hokage. Ces membres furent à l'origine de la création du village caché des feuilles avec le clan Uchiwa. Il avaient également des liens de parenté éloignés avec le clan Uzumaki.
Le clan descendrait du second fils du Rikudô Sennin, qui reçut le corps du sage héritant de sa force, de sa volonté et de l'énergie physique du sage.
Le clan Senju a aujourd'hui pratiquement disparu, et seuls quelques membres foulent encore les terres du Pays du Feu.

   
   

Le clan Uchiwa (うちは一族, Uchiha Ichizoku) était autrefois considéré comme le plus puissant clan de Konoha et un des plus puissants du monde ninja. Il descendrait du fils ainé du Rikudô Sennin, qui possédait les yeux et l'énergie spirituelle du sage.
Les membres du clan étaient tous dotés d'un génie naturel, d'une grande intelligence, d'un chakra phénoménalement puissant lié naturellement à l'affinité Katon et du Sharingan.
Après l'attaque de Kyûbi sur Konoha il y a treize ans, le clan Uchiwa fut placé dans un quartier surveillé par les forces de l'ANBU et écarté de la plupart des décisions. Le clan tout entier fut décimé par l’aîné du chef Uchiwa : Itachi Uchiwa. Seul le cadet, Sasuke Uchiwa, semble avoir survécu au massacre, le coeur remplit de haine pour son frère.

   
   

Le Clan Uzumaki (うずまき一族, Uzumaki Ichizoku) était le clan prédominant du Village caché des Remous. Ce clan avait un lointain lien de parenté avec le clan Senju avec lequel ils ont toujours entretenu de bonnes relations. Ils furent décimés lors des Grandes Guerres Ninjas en même temps que le Pays des Tourbillons. Les rares survivants s'exilèrent à travers le monde.

Les gens de ce clan possédaient une grande longévité et une maîtrise de l'art des sceaux exceptionnels  le fûinjutsu. Ils possèdent également des capacités de régénérations incroyables.

   
   

Le Clan Yamanaka (山中一族, Yamanaka Ichizoku) est une famille de ninjas de Konoha. Ils possèdent et dirigent un magasin de fleurs dans le village de Konoha. Les membres de ce clan se spécialisent dans les techniques centrés sur l'esprit ce qui les rend experts dans la collecte de renseignements et d'espionnage. Ils ont également affiché des aptitudes sensorielles et leurs techniques incluent le transfert de la conscience, lire dans les pensées et de communiquer par télépathie.

Le clan Yamanaka semble entretenir des liens particuliers avec les clans Akimichi et Nara. Depuis au moins deux générations, les membres de ces trois familles ont formé un trio « Ino-Shika-Chô », nommé ainsi d'après le début du nom de chaque membre.